謎の言葉を残して異世界へと消えた那由多。その秘密を探るため、怜悧はついに東京奪還の作戦を決意する。新たな戦力を得るため、コアの“埋め込み手術”を命じられた傷無。しかし、相手に選ばれたのはシルヴィアだった！？幼いシルヴィアを戦いに巻き込みたくない傷無と、故郷を取り戻したいと願うシルヴィアはすれ違ってしまい…。一方その頃、異世界では驚くべき作戦が展開されていた！-究極の“埋め込み”ミッションが始まる！！