625の試作品たち全てを回収し“おうち”を見つけることができたご褒美として、リロ、スティッチ、ジャンバ、そしてプリークリーは、それぞれが最適に暮らせる場所を与えられる。リロと切ない別れを経てスティッチたちはハワイを離れ、念願だった銀河系での新たな生活を楽しむ・・・はずだった。しかし、あの邪悪なハムスターヴィール博士が監獄から脱走し、ジャンバを脅して新たな試作品を作らせてしまったからさあ大変。スティッチのバージョンアップとして誕生し“リロイ”と名付けられたその試作品、最悪なことにハムスターヴィール博士がリロイのクローンを大量に作って地球の試作品たちを捕獲しにやってきた！リロのピンチに銀河系のかなたから参上したスティッチたちは、625のいとこたちと団結してリロイ軍に立ち向かう。しかし、圧倒的な強さを見せるリロイ軍。果たして、リロとスティッチの運命は・・・。