あくびが出るほど平和な、プププランドの昼下がり。ショートケーキを持って仲良くピクニックをしようとしていたカービィ、デデデ大王、バンダナワドルディそしてメタナイトの目の前で、晴れた青い空を切り裂いて、突如、巨大な船が落ちてきた。ふしぎな光につつまれた、その船の名はーローア。すでに滅びた超古代文明ハルカンドラが生み出した、奇跡の船。カービィたちは、船の持ち主だという旅人マホロアに助けを求められ、墜落とともに失われてしまった、船のパーツを探すことになった。遺跡や海の底に雪の中…そして異空間をかけめぐる、大冒険が始まる！